منذ ما يقرب من خمسة قرون مضت، وتحديدًا في عام 1538 ميلادية، قرر جمال الدين شاهين، إهداء والده الشيخ الصالح العارف بالله شاهين الخلوتى، شيخ الطريقة الخلوتية، مسجدًا يُخلد ذكراه بعد مماته، لذا اختار له موقعًا متميزًا فوق هضبة المقطم ليُطل بمأذنته العالقة علي القاهرة من أعلي جباله، تلك الهضبة التي لجأ
وقف السلطان قايتباي علي شاطئ الإسكندرية متزمراً، لم تعجبه تلك الحالة التي ووصلت إليها تلك المدينة البائسة، فرغم إنها البوابة الشمالية لمصر المحروسة، لم يكن لها أي سور أو قلعة تحميها، منذ أن هدأت زلازل ساحل المتوسط، التي دمرت حصون الإسكندرية وأسوارها ومنارتها القابعة في جزيرة فاروس، لم يكن للمدينة
بمجرد أن وضعت معركة عين جالوت أوﺯﺍﺭﻫﺎ، واستقر للملك الظاهر ركن الدين بيبرس العلائي البُندُقدارِي حكم مصر، عاد إلي مصر في 1261 ميلادية ليُعيد بناؤها، كان أول ما فكر فيه إعادة تشكيل الحياة التعليمية، فبدأ بتأسيس المدارس المختلفة في القاهرة الفاطمية.
كان للمدرسة الظاهرية السبق في الظهور، فبعد
